對于業績虧損的原因，三元方面解釋為，一方面原輔材料價格上漲導致公司產品成本上升，另一方面，受市場因素影響，產品毛利率下降，投資收益同比下降，導致凈利潤減少。
 

　　盡管2008年因未被檢測出含有三聚氰胺，在蒙牛、伊利、光明當年出現大幅虧損的情況下，三元實現盈利4076萬元。然而，三元的發展似乎并不那么順利：一方面，2009年對三鹿的蛇吞象讓其背負了巨大包袱，以至于當年其實現歸屬于母公司所有者的凈利潤為-1.28億元，這樣的狀態一直維持到2010年四季度才好轉，但僅過了一年，2012年起凈利再度出現下滑，去年一季度更是出現季度虧損，凈利僅為-1254萬元。
 

　　值得注意的是，為了彌補奶源緊張導致的成本上漲，三元還率先對旗下液態奶調價，從而引發光明、蒙牛等跟風，但從昨日的業績預報來看，提價并沒有彌補三元的虧損。值得一提的是，雖然三元將業績下降原因歸結為原材料價格上漲進而增加生產成本，但同樣受困這一問題的蒙牛和等其他乳企卻一直保持業績增長的狀態。
 

　　對此，中國奶業協會理事陳瑜表示，作為一家立足于北京市場、主打巴氏奶的區域乳品企業，三元一直試圖突破區域、做全國市場，但近年來隨著蒙牛、伊利圍攻北京市場，三元陷入市場接連失守的困境。加之原奶供應緊張的整體環境，三元可謂腹背受敵，不排除再度漲價以緩解業績的可能性。